Der FC Msida Saint Joseph wurde 1906
gegründet. 1910 war der Klub eines der Gründungsmitglieder der Civilian
Football League. Nachdem bei einem Spiel gegen Sliema Wanderers
Zuschauer das Spielfeld gestürmt hatten und daraufhin die Punkte der
gegnerischen Mannschaft zugesprochen wurden, trat der Klub in dieser Spielzeit
nicht mehr an. Als nach einem Jahr Pause der Spielbetrieb in der Liga wieder
aufgenommen wurde, wurde Saint Joseph nicht mehr eingeladen. Dennoch gelang
1912 der Einzug ins Endspiel des Mile End Cup, eines
Vorgängerwettbewerbs des maltesischen Pokals. Dort verlor man jedoch klar mit
0:3 gegen St. George's FC.
In den folgenden Jahren spielte die
Mannschaft hauptsächlich unterklassig. 1935 gelang der Aufstieg in die dritte
Liga, in der man auf Anhieb Meister wurde. 1936 wurde auch der Amateurpokal
gewonnen. 1937 verpasste die Mannschaft den Durchmarsch in die erste Liga nur
knapp. Punktgleich mit Xewkija Tigers musste ein
Entscheidungsspiel über den Aufstieg entscheiden. Dieses wurde mit 1:3
verloren.
Nach dem Zweiten Weltkrieg
nannte sich der Klub Msida Amateurs und wurde 1945 Meister der dritten
Liga D. Ein Jahr später erfolgte die Umbenennung in Msida Wolves. Unter
diesem Namen gelang 1948 der Aufstieg in die zweite Liga. Nach dem Abstieg 1955
erfolgte die Rückumbennenung in Saint Joseph.
1966 gelang der erneute Aufstieg in die
zweite Liga und als dortiger Meister der direkte Durchmarsch in die Maltese Premier League. Dem direkten
wiederabstieg folgte der Wiederaufstieg. Aber der Klassenerhalt wurde wieder
verpasst. 1975 gelang der erneute Aufstieg und dieses Mal konnte Saint Joseph
vier Jahre im Oberhaus bleiben.
Bis 1992 spielte Saint Joseph in der zweiten
Liga, dann erfolgte der Abstieg in die Drittklassigkeit und kurze Zeit später
ging es in die vierte Liga.
2001 wurde die Mannschaft souverän mit nur
einer Niederlage Meister der vierten Liga. Die Erfolgsserie wurde auch in der
dritten Liga fortgesetzt. Ohne Niederlage gelang auch hier die Meisterschaft
und auch in der zweiten Liga ließ sich die Mannschaft nicht beirren und
erreicht auch hier den Meistertitel und stand somit 22 Jahre nach dem
letztmaligen Abstieg und drei Jahre nachdem man noch in der untersten Liga
antreten musste wieder in der Premier League.
Zwar musste Saint Joseph 2004 als Tabellenvorletzter
in der Relegationsrunde antreten, dort konnte man jedoch als Zweiter den
Klassenerhalt sicherstellen. In der zweiten Spielzeit konnte trotz eines
Punktabzuges, am 15. Januar 2005 hatte ein Vorstandsmitglied des Vereins beim
1:1-Unentschieden gegen Pietà Hotspurs
wegen eines Elfmeters in der Nachspielzeit für den Gegner einen
Schiedsrichterassistenten attackiert, die Klasse gehalten werden. Gleichzeitig
zog die Mannschaft erstmals ins Pokalfinale ein, musste sich aber FC Birkirkara
mit 1:2 geschlagen geben. In der dritten Spielzeit nach dem Wiederaufstieg
schaffte Saint Joseph erstmals die Qualifikation für die Meisterschaftsrunde,
wurde dort aber abgeschlagen Letzter. Auch 2006/07 gelang als Vierter der
Einzug in die Endrunde, jedoch sprang erneut nur der sechste Platz heraus. Nach
der Saison 2009/10 stieg das Team in die First Division ab. 2011 folgte sogar
der Abstieg in die drittklassige Second Division.
